Desterrado el Cid en el verano de 1081, es muy posible que Jimena no lo acompañase en un primer momento, pero no es admisible que se fuera a vivir a San Pedro de Cardeña tal y como se cuenta en el Cantar de Mío Cid. Jimena seguía siendo dueña de todos sus bienes y heredades y contaba con el apoyo de su familia, en concreto de sus hermanos Rodrigo Díaz, conde de Oviedo, y Fernando Díaz.

Según la Historia Roderici, doña Jimena fue nepta (sobrina) del emperador Alfonso VI de León. La autora, Margarita Torres, reconstruye el esquema genealógico de los Flaínez y la dinastía reinante para esclarecer el parentesco entre Jimena y el monarca que viene por el lado paterno (los Flaínez), ya que el rey Alfonso VI y Jimena comparten como ancestros al conde Bermudo Núñez y su esposa Argilo. Partiendo de esta relación, doña Jimena sería prima tercera del emperador.

Histórico

Jimena Diaz was the daughter of the Count of Asturias Don Diego Rodriguez of Asturias (to 1034) and Countess Doña Cristina Fernández.

Así, el Cid parte de Vivar rumbo a Burgos, en compañía de sesenta caballeros. Al salir de allí, una corneja vuela a su derecha y, más tarde, al entrar a Burgos, otra vuela a su izquierda. El Cid se encoge de hombros ante esta última señal de mal agüero y sacude su cabeza en un gesto de rechazo.Por otro lado, además de las cualidades heroicas con las que se presenta al protagonista, también observamos en él cualidades más próximas al hombre común: el personaje llora, se preocupa por su familia y se ocupa de cuestiones materiales, como la forma de ganar dinero. Aurovita Díaz, casada con Munio Godesteiz.​ En el Cantar de Mío Cid y en otras historias se menciona que Munio Godesteiz (que probablemente se identifique con el Muño Gustioz del Cantar),​ quien sería cuñado de Jimena, combatió junto al Cid y que acompañó a Jimena en su viudedad.